Маргарет Куолли родилась 23 октября 1994 года в Калиспелле, Монтана, дочь актрисы Энди Макдауэлл. С 16 лет работала моделью на Неделе моды в Нью-Йорке, сотрудничая с Alberta Ferretti, Chanel и Valentino. Дебютировала в кино в 2013 году в фильме «Пало-Альто», получила известность благодаря роли в сериале «Оставленные» (2014–2017). Участвовала в проектах «Славные парни» (2016), «Однажды в… Голливуде» (2019), «Фосси/Вердон» (2019), где была номинирована на «Эмми», а также в «Уборщице» (2021) с номинацией на «Золотой глобус».
В 2024 году её роль в фильме «Субстанция» была высоко оценена на Каннском кинофестивале. Маргарет замужем за музыкантом Джеком Антоноффым с 2023 года. До актёрской карьеры занималась балетом. Ведёт активную деятельность в Instagram, где публикует материалы, связанные с творчеством.